monocle2可以说是报错之王，ordercell()与igraph的版本问题

遇到问题解决问题

monocle2版本问题

此前我们给大家做了一系列monocle的教程用于帮助大家完成拟时序分析，虽然是边做边骂monocle语法差、bug多、版本不兼容，但是monocle从计算效率和效果上来看仍然是市面上最优秀的拟时序分析软件之一。当然，如果你问还有没有其他的拟时序分析软件，答案是：当然有啦。我们还给大家准备了一文学会四种scRNA-seq轨迹分析供大家任意选择。

目前从大家的反馈上来看，orderCells这个函数由于版本问题出现bug的频率最多，此前我们已经给大家出了一个推送解决版本问题(答读者问（十八）、一个我至少被问过30遍的monocle报错)，但是仍有同学不会安装相应的版本，这里我们也提供一种更简单的修改源码方法，并且经验证后确定有效。

（1）报错界面

（2）原因

① monocle2的版本问题，比如2.21.1的版本可能会遇到这个报错

② igraph版本过高，在2.1.0及以上的igraph会有这个问题，和monocle2的内置函数nei所要求的版本不一致

（3）解决办法

① 针对monocle2的版本问题，大家可以参考解决monocle2的orderCells报错的两种方法推文安装指定版本的monocle2或者是修改修改orderCell函数以解决以上问题

② 针对igraph可以尝试安装2.1.0以下版本

当然，还有一种更直接的好办法，之前我们对Biomamba的单细胞分析环境大公开，里面包含了我们单细胞分析过程中基本上绝大多数我们会使用到的包，经过我们的验证，在该环境中的monocle是不会出现以上问题的。推荐大家按照我们该环境中的monocle版本，而且该环境可以配合scRNA-seq数据分析小白全程班食用。