news 2026/7/2 5:01:17

距离3D空间转录组还有多远?

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张小明

前端开发工程师

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文章封面图
距离3D空间转录组还有多远?
作者,Evil Genius
今天我们讨论一个问题,那就是3D空间转录组,这个方向其实很早就提出了。
其中最让人期待的文章是这个

据说很不错,但是目前没人用过。
也有一些其他的文章努力做3D空间转录组,例如

还有

或者

还有个最笨的方法,就是连续切片

那么3D空间转录组何时能够商业化并且让科研工作者运用起来呢?目前来看,还是不够成熟,处于研发阶段,而且大概率,需要依靠国外的研究者了。
今天我们分享一个3D的方法,文章在

Deep-STARmap和Deep- RIBOmap两项技术,能够在60–200微米厚的完整组织块中实现三维(3D)原位基因转录组与翻译活性的同步量化。
现有空转的缺陷
通量低(通常<300基因),成像区域有限;
依赖线性编码与RNA完整性,检测效率低、可扩展性差;
多轮成像中RNA分子位移导致周期受限;
缺乏翻译组空间定位能力,无法同步解析单细胞翻译活动。
Deep-STARmap与Deep-RIBOmap工作流程总结
两种方法均基于以下流程:先使用预设计的寡核苷酸探针(分别靶向总RNA或核糖体结合RNA)在PFA固定组织中杂交,再进行水凝胶包埋。随后通过蛋白质消化与脂质去除增强酶渗透性,确保厚组织样本的检测深度。通过酶连接与滚环扩增(RCA)合成原位cDNA扩增子,每个扩增子包含预设的基因特异性标识符,最终通过循环测序(SEDAL测序法)进行解码。

鼠脑的验证

使用Tetbow对分子细胞类型进行单细胞形态学分析

Deep-STARmap在人类皮肤鳞状细胞癌(cSCC)中的应用总结

技术虽然一直在更新,那么何时能用上3D空间转录组呢?
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